1993年底，郯城县辖5镇17乡（郯城镇、马头镇、重坊镇、李庄镇、褚墩镇，胜利乡、新村乡、港上乡、花园乡、小马头乡、归昌乡、杨集乡、大院子乡、大尚庄乡、店子乡、小埠乡、归义乡、司家乡、泉源乡、庙山乡、沙墩乡、黄山乡）。

1994年11月，撤销杨集乡、黄山乡，设立杨集镇、黄山镇。

1995年8月，店子乡更名为高峰头乡，小埠乡更名为十里乡。

1995年12月，撤销高峰头乡、庙山乡，设立高峰头镇、庙山镇；大院子乡更名为红花乡，小马头乡更名为高册乡。

1996年7月，撤销港上乡、沙墩乡，设立港上镇、沙墩镇。

1997年6月，司家乡更名为清泉乡。

2000年12月，郯城镇、十里乡、归义乡合并，称郯城镇；红花乡、大尚庄乡合并，称红花乡；泉源乡、清泉乡合并，称泉源乡；马头镇、高册乡合并，称马头镇。即郯城县辖11个镇、6个乡。

2010年2月，撤销郯城镇，设立郯城街道。

2010年5月，撤销红花乡、胜利乡，设立红花镇、胜利镇。

2011年3月，原辖褚墩镇、黄山镇划归临沂市罗庄区管辖。

2011年8月，李庄镇、沙墩镇合并，称李庄镇；重坊镇、新村乡合并，称重坊镇。

2020年6月，撤销花园乡、泉源乡，设立花园镇、泉源镇。

截至目前，郯城县辖1个街道（郯城街道），11个镇（马头镇、李庄镇、重坊镇、杨集镇、庙山镇、高峰头镇、港上镇、红花镇、胜利镇、花园镇、泉源镇），1个乡（归昌乡）。县政府驻郯城街道。